Prostate cancer risk stratification improvement across multiple ancestries with new polygenic hazard score
Minh-Phuong Huynh-Le
(1, 2)
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Roshan Karunamuni
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Chun Chieh Fan
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Lui Asona
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Wesley Thompson
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Maria Elena Martinez
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Rosalind Eeles
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Zsofia Kote-Jarai
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Kenneth Muir
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Artitaya Lophatananon
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Johanna Schleutker
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Nora Pashayan
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Jyotsna Batra
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Henrik Grönberg
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David Neal
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Børge Nordestgaard
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Catherine Tangen
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Robert Macinnis
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Alicja Wolk
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Demetrius Albanes
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Christopher Haiman
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Ruth Travis
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William Blot
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Janet Stanford
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Lorelei Mucci
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Catharine West
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Sune Nielsen
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Adam Kibel
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Olivier Cussenot
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Sonja Berndt
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Stella Koutros
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Karina Dalsgaard Sørensen
,
Cezary Cybulski
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Eli Marie Grindedal
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Florence Menegaux
(3)
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Jong Park
,
Sue Ingles
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Christiane Maier
,
Robert Hamilton
,
Barry Rosenstein
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Yong-Jie Lu
,
Stephen Watya
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Ana Vega
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Manolis Kogevinas
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Fredrik Wiklund
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Kathryn Penney
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Chad Huff
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Manuel Teixeira
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Luc Multigner
(4)
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Robin Leach
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Hermann Brenner
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Esther John
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Radka Kaneva
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Christopher Logothetis
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Susan Neuhausen
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Kim de Ruyck
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Piet Ost
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Azad Razack
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Lisa Newcomb
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Jay Fowke
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Marija Gamulin
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Aswin Abraham
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Frank Claessens
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Jose Esteban Castelao
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Paul Townsend
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Dana Crawford
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Gyorgy Petrovics
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Ron van Schaik
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Marie-Élise Parent
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Jennifer Hu
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Wei Zheng
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Ian Mills
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Ole Andreassen
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Anders Dale
,
Tyler Seibert
(2)
Minh-Phuong Huynh-Le
- Fonction : Auteur
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Roshan Karunamuni
- Fonction : Auteur
Chun Chieh Fan
- Fonction : Auteur
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Lui Asona
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1283373
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Wesley Thompson
- Fonction : Auteur
Maria Elena Martinez
- Fonction : Auteur
Rosalind Eeles
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1283374
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Zsofia Kote-Jarai
- Fonction : Auteur
Kenneth Muir
- Fonction : Auteur
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Artitaya Lophatananon
- Fonction : Auteur
Johanna Schleutker
- Fonction : Auteur
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Nora Pashayan
- Fonction : Auteur
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Jyotsna Batra
- Fonction : Auteur
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Henrik Grönberg
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David Neal
- Fonction : Auteur
Børge Nordestgaard
- Fonction : Auteur
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Catherine Tangen
- Fonction : Auteur
Robert Macinnis
- Fonction : Auteur
Alicja Wolk
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Demetrius Albanes
- Fonction : Auteur
Christopher Haiman
- Fonction : Auteur
Ruth Travis
- Fonction : Auteur
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William Blot
- Fonction : Auteur
Janet Stanford
- Fonction : Auteur
Lorelei Mucci
- Fonction : Auteur
Catharine West
- Fonction : Auteur
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Sune Nielsen
- Fonction : Auteur
Adam Kibel
- Fonction : Auteur
Olivier Cussenot
- Fonction : Auteur
Sonja Berndt
- Fonction : Auteur
Stella Koutros
- Fonction : Auteur
Karina Dalsgaard Sørensen
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Cezary Cybulski
- Fonction : Auteur
Eli Marie Grindedal
- Fonction : Auteur
Florence Menegaux
- Fonction : Auteur
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Jong Park
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1283384
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Sue Ingles
- Fonction : Auteur
Christiane Maier
- Fonction : Auteur
Robert Hamilton
- Fonction : Auteur
Barry Rosenstein
- Fonction : Auteur
Yong-Jie Lu
- Fonction : Auteur
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Stephen Watya
- Fonction : Auteur
Ana Vega
- Fonction : Auteur
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Manolis Kogevinas
- Fonction : Auteur
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Fredrik Wiklund
- Fonction : Auteur
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Kathryn Penney
- Fonction : Auteur
Chad Huff
- Fonction : Auteur
Manuel Teixeira
- Fonction : Auteur
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Luc Multigner
- Fonction : Auteur
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Robin Leach
- Fonction : Auteur
Hermann Brenner
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Esther John
- Fonction : Auteur
Radka Kaneva
- Fonction : Auteur
Christopher Logothetis
- Fonction : Auteur
Susan Neuhausen
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Kim de Ruyck
- Fonction : Auteur
Piet Ost
- Fonction : Auteur
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Azad Razack
- Fonction : Auteur
Lisa Newcomb
- Fonction : Auteur
Jay Fowke
- Fonction : Auteur
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Marija Gamulin
- Fonction : Auteur
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Aswin Abraham
- Fonction : Auteur
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Frank Claessens
- Fonction : Auteur
Jose Esteban Castelao
- Fonction : Auteur
Paul Townsend
- Fonction : Auteur
Dana Crawford
- Fonction : Auteur
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Gyorgy Petrovics
- Fonction : Auteur
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Ron van Schaik
- Fonction : Auteur
Marie-Élise Parent
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Jennifer Hu
- Fonction : Auteur
Wei Zheng
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Ian Mills
- Fonction : Auteur
Ole Andreassen
- Fonction : Auteur
Anders Dale
- Fonction : Auteur
Tyler Seibert
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Résumé
Background: Prostate cancer risk stratification using single-nucleotide polymorphisms (SNPs) demonstrates considerable promise in men of European, Asian, and African genetic ancestries, but there is still need for increased accuracy. We evaluated whether including additional SNPs in a prostate cancer polygenic hazard score (PHS) would improve associations with clinically significant prostate cancer in multi-ancestry datasets.Methods: In total, 299 SNPs previously associated with prostate cancer were evaluated for inclusion in a new PHS, using a LASSO-regularized Cox proportional hazards model in a training dataset of 72,181 men from the PRACTICAL Consortium. The PHS model was evaluated in four testing datasets: African ancestry, Asian ancestry, and two of European Ancestry-the Cohort of Swedish Men (COSM) and the ProtecT study. Hazard ratios (HRs) were estimated to compare men with high versus low PHS for association with clinically significant, with any, and with fatal prostate cancer. The impact of genetic risk stratification on the positive predictive value (PPV) of PSA testing for clinically significant prostate cancer was also measured.Results: The final model (PHS290) had 290 SNPs with non-zero coefficients. Comparing, for example, the highest and lowest quintiles of PHS290, the hazard ratios (HRs) for clinically significant prostate cancer were 13.73 [95% CI: 12.43-15.16] in ProtecT, 7.07 [6.58-7.60] in African ancestry, 10.31 [9.58-11.11] in Asian ancestry, and 11.18 [10.34-12.09] in COSM. Similar results were seen for association with any and fatal prostate cancer. Without PHS stratification, the PPV of PSA testing for clinically significant prostate cancer in ProtecT was 0.12 (0.11-0.14). For the top 20% and top 5% of PHS290, the PPV of PSA testing was 0.19 (0.15-0.22) and 0.26 (0.19-0.33), respectively.Conclusions: We demonstrate better genetic risk stratification for clinically significant prostate cancer than prior versions of PHS in multi-ancestry datasets. This is promising for implementing precision-medicine approaches to prostate cancer screening decisions in diverse populations.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte