Prostate cancer risk stratification improvement across multiple ancestries with new polygenic hazard score - Université de Rennes Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Prostate Cancer and Prostatic Diseases Année : 2022

Prostate cancer risk stratification improvement across multiple ancestries with new polygenic hazard score

Roshan Karunamuni
  • Fonction : Auteur
Chun Chieh Fan
Lui Asona
Wesley Thompson
  • Fonction : Auteur
Maria Elena Martinez
  • Fonction : Auteur
Rosalind Eeles
Zsofia Kote-Jarai
  • Fonction : Auteur
Kenneth Muir
Artitaya Lophatananon
  • Fonction : Auteur
Johanna Schleutker
Nora Pashayan
Jyotsna Batra
Henrik Grönberg
David Neal
  • Fonction : Auteur
Børge Nordestgaard
Catherine Tangen
  • Fonction : Auteur
Robert Macinnis
  • Fonction : Auteur
Alicja Wolk
Demetrius Albanes
  • Fonction : Auteur
Christopher Haiman
  • Fonction : Auteur
Ruth Travis
William Blot
  • Fonction : Auteur
Janet Stanford
  • Fonction : Auteur
Lorelei Mucci
  • Fonction : Auteur
Catharine West
Sune Nielsen
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Adam Kibel
  • Fonction : Auteur
Olivier Cussenot
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Sonja Berndt
  • Fonction : Auteur
Stella Koutros
  • Fonction : Auteur
Karina Dalsgaard Sørensen
Cezary Cybulski
  • Fonction : Auteur
Eli Marie Grindedal
  • Fonction : Auteur
Jong Park
Sue Ingles
  • Fonction : Auteur
Christiane Maier
  • Fonction : Auteur
Robert Hamilton
  • Fonction : Auteur
Barry Rosenstein
  • Fonction : Auteur
Yong-Jie Lu
Stephen Watya
  • Fonction : Auteur
Ana Vega
Manolis Kogevinas
Fredrik Wiklund
Kathryn Penney
  • Fonction : Auteur
Chad Huff
  • Fonction : Auteur
Manuel Teixeira
Robin Leach
  • Fonction : Auteur
Hermann Brenner
Esther John
  • Fonction : Auteur
Radka Kaneva
  • Fonction : Auteur
Christopher Logothetis
  • Fonction : Auteur
Susan Neuhausen
  • Fonction : Auteur
Kim de Ruyck
  • Fonction : Auteur
Piet Ost
Azad Razack
  • Fonction : Auteur
Lisa Newcomb
  • Fonction : Auteur
Jay Fowke
Marija Gamulin
Aswin Abraham
Frank Claessens
  • Fonction : Auteur
Jose Esteban Castelao
  • Fonction : Auteur
Paul Townsend
  • Fonction : Auteur
Dana Crawford
Gyorgy Petrovics
Ron van Schaik
  • Fonction : Auteur
Marie-Élise Parent
Jennifer Hu
  • Fonction : Auteur
Wei Zheng
Ian Mills
  • Fonction : Auteur
Ole Andreassen
  • Fonction : Auteur
Anders Dale
  • Fonction : Auteur
Tyler Seibert

Résumé

Background: Prostate cancer risk stratification using single-nucleotide polymorphisms (SNPs) demonstrates considerable promise in men of European, Asian, and African genetic ancestries, but there is still need for increased accuracy. We evaluated whether including additional SNPs in a prostate cancer polygenic hazard score (PHS) would improve associations with clinically significant prostate cancer in multi-ancestry datasets.Methods: In total, 299 SNPs previously associated with prostate cancer were evaluated for inclusion in a new PHS, using a LASSO-regularized Cox proportional hazards model in a training dataset of 72,181 men from the PRACTICAL Consortium. The PHS model was evaluated in four testing datasets: African ancestry, Asian ancestry, and two of European Ancestry-the Cohort of Swedish Men (COSM) and the ProtecT study. Hazard ratios (HRs) were estimated to compare men with high versus low PHS for association with clinically significant, with any, and with fatal prostate cancer. The impact of genetic risk stratification on the positive predictive value (PPV) of PSA testing for clinically significant prostate cancer was also measured.Results: The final model (PHS290) had 290 SNPs with non-zero coefficients. Comparing, for example, the highest and lowest quintiles of PHS290, the hazard ratios (HRs) for clinically significant prostate cancer were 13.73 [95% CI: 12.43-15.16] in ProtecT, 7.07 [6.58-7.60] in African ancestry, 10.31 [9.58-11.11] in Asian ancestry, and 11.18 [10.34-12.09] in COSM. Similar results were seen for association with any and fatal prostate cancer. Without PHS stratification, the PPV of PSA testing for clinically significant prostate cancer in ProtecT was 0.12 (0.11-0.14). For the top 20% and top 5% of PHS290, the PPV of PSA testing was 0.19 (0.15-0.22) and 0.26 (0.19-0.33), respectively.Conclusions: We demonstrate better genetic risk stratification for clinically significant prostate cancer than prior versions of PHS in multi-ancestry datasets. This is promising for implementing precision-medicine approaches to prostate cancer screening decisions in diverse populations.
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Paternité

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Citer

Minh-Phuong Huynh-Le, Roshan Karunamuni, Chun Chieh Fan, Lui Asona, Wesley Thompson, et al.. Prostate cancer risk stratification improvement across multiple ancestries with new polygenic hazard score. Prostate Cancer and Prostatic Diseases, 2022, 25 (4), pp.755-761. ⟨10.1038/s41391-022-00497-7⟩. ⟨hal-04204681⟩
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