Evaluating approaches for constructing polygenic risk scores for prostate cancer in men of African and European ancestry - Université de Rennes Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue American Journal of Human Genetics Année : 2023

Evaluating approaches for constructing polygenic risk scores for prostate cancer in men of African and European ancestry

Burcu Darst (1) , Jiayi Shen (1) , Ravi Madduri (2) , Alexis Rodriguez (2) , Yukai Xiao , Xin Sheng , Edward Saunders , Tokhir Dadaev , Mark Brook , Thomas Hoffmann (3) , Kenneth Muir (4) , Peggy Wan , Loic Le Marchand , Lynne Wilkens , Ying Wang , Johanna Schleutker , Robert Macinnis , Cezary Cybulski , David Neal , Børge Nordestgaard , Sune Nielsen , Jyotsna Batra , Judith Clements , Australian Prostate Cancer Bioresource , Henrik Grönberg , Nora Pashayan , Ruth Travis , Jong Park , Demetrius Albanes , Stephanie Weinstein , Lorelei Mucci , David Hunter , Kathryn Penney , Catherine Tangen , Robert Hamilton , Marie-Élise Parent , Janet Stanford , Stella Koutros , Alicja Wolk , Karina Sørensen , William Blot , Edward Yeboah , James Mensah , Yong-Jie Lu , Daniel Schaid , Stephen Thibodeau , Catharine West , Christiane Maier , Adam Kibel , Géraldine Cancel-Tassin (5) , Florence Menegaux (6) , Esther John , Eli Marie Grindedal , Kay-Tee Khaw , Sue Ingles , Ana Vega , Barry Rosenstein , Manuel Teixeira , Manolis Kogevinas , Lisa Cannon-Albright , Chad Huff , Luc Multigner (7) , Radka Kaneva , Robin Leach , Hermann Brenner , Ann Hsing , Rick Kittles , Adam Murphy , Christopher Logothetis , Susan Neuhausen , William Isaacs , Barbara Nemesure , Anselm Hennis , John Carpten , Hardev Pandha , Kim de Ruyck , Jianfeng Xu , Azad Razack , Soo-Hwang Teo , Lisa Newcomb , Jay Fowke , Christine Neslund-Dudas , Benjamin Rybicki , Marija Gamulin , Nawaid Usmani , Frank Claessens , Manuela Gago-Dominguez , Jose Esteban Castelao , Paul Townsend , Dana Crawford , Gyorgy Petrovics , Graham Casey , Monique Roobol , Jennifer Hu , Sonja Berndt , Stephen van den Eeden , Douglas Easton , Stephen Chanock , Michael Cook , Fredrik Wiklund , John Witte (8) , Rosalind Eeles (9) , Zsofia Kote-Jarai (9) , Stephen Watya , John Gaziano (10) , Amy Justice (11) , David Conti (1) , Christopher Haiman (1)
Yukai Xiao
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Xin Sheng
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Edward Saunders
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Tokhir Dadaev
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Mark Brook
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Peggy Wan
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Loic Le Marchand
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Lynne Wilkens
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Ying Wang
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Johanna Schleutker
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Robert Macinnis
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Cezary Cybulski
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David Neal
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Børge Nordestgaard
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Sune Nielsen
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Jyotsna Batra
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Judith Clements
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Henrik Grönberg
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Jong Park
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David Hunter
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Kathryn Penney
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Catherine Tangen
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Robert Hamilton
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Marie-Élise Parent
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Janet Stanford
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Stella Koutros
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Alicja Wolk
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Karina Sørensen
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William Blot
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Edward Yeboah
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James Mensah
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Daniel Schaid
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Catharine West
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Barry Rosenstein
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Manuel Teixeira
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Chad Huff
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Benjamin Rybicki
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Graham Casey
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Sonja Berndt
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Stephen van den Eeden
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Douglas Easton
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Stephen Chanock
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Michael Cook
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Stephen Watya
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Résumé

Genome-wide polygenic risk scores (GW-PRSs) have been reported to have better predictive ability than PRSs based on genome-wide significance thresholds across numerous traits. We compared the predictive ability of several GW-PRS approaches to a recently developed PRS of 269 established prostate cancer-risk variants from multi-ancestry GWASs and fine-mapping studies (PRS269). GW-PRS models were trained with a large and diverse prostate cancer GWAS of 107,247 cases and 127,006 controls that we previously used to develop the multi-ancestry PRS269. Resulting models were independently tested in 1,586 cases and 1,047 controls of African ancestry from the California Uganda Study and 8,046 cases and 191,825 controls of European ancestry from the UK Biobank and further validated in 13,643 cases and 210,214 controls of European ancestry and 6,353 cases and 53,362 controls of African ancestry from the Million Veteran Program. In the testing data, the best performing GW-PRS approach had AUCs of 0.656 (95% CI = 0.635-0.677) in African and 0.844 (95% CI = 0.840-0.848) in European ancestry men and corresponding prostate cancer ORs of 1.83 (95% CI = 1.67-2.00) and 2.19 (95% CI = 2.14-2.25), respectively, for each SD unit increase in the GW-PRS. Compared to the GW-PRS, in African and European ancestry men, the PRS269 had larger or similar AUCs (AUC = 0.679, 95% CI = 0.659-0.700 and AUC = 0.845, 95% CI = 0.841-0.849, respectively) and comparable prostate cancer ORs (OR = 2.05, 95% CI = 1.87-2.26 and OR = 2.21, 95% CI = 2.16-2.26, respectively). Findings were similar in the validation studies. This investigation suggests that current GW-PRS approaches may not improve the ability to predict prostate cancer risk compared to the PRS269 developed from multi-ancestry GWASs and fine-mapping.
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hal-04165847 , version 1 (29-01-2024)

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Citer

Burcu Darst, Jiayi Shen, Ravi Madduri, Alexis Rodriguez, Yukai Xiao, et al.. Evaluating approaches for constructing polygenic risk scores for prostate cancer in men of African and European ancestry. American Journal of Human Genetics, 2023, 110 (7), pp.1200-1206. ⟨10.1016/j.ajhg.2023.05.010⟩. ⟨hal-04165847⟩
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