Evaluer l’état de stress d’un cheval est un besoin récurrent, soit pour comparer des individus dans les mêmes situations (caractéristiques individuelles), soit pour évaluer l’impact des situations dans lesquelles l’animal doit évoluer. Le cortisol est généralement considéré comme l’hormone de stress par excellence, car son taux augmente lors de stress aigu. Cependant, le bien-être correspond à un état chronique qui peut être altéré quand l’individu se trouve confronté à des stress de façon répétée. Cinquante neuf chevaux répartis dans trois centres équestres avec unhébergement majoritaire en box isolé ont été observés, Les résultats montrent que les chevaux dont le bien-être était altéré avaient aussi les taux les plus faibles de cortisol, qu’il s’agisse de cortisol sanguin ou fécal (mesure plus integrative à partir des crottins, mise au point à l’université vétérinaire de Vienne). Ces résultats pourraient s'expliquer par une usure du système face à des conditions de vie amenant à un stress suffisamment long et intense et montrent que l’évaluation du bien-être ne peut pas s’appuyer uniquement sur cette simple mesure physiologique.